通常情況下，短程蒸餾器是在1到0.001mbar的工作壓力下完成熱分離過程，其以較低的沸騰溫度進行蒸餾處理，因而非常適合熱敏性、高沸點物。短程蒸餾器的基本構成為：帶有加熱夾套的圓柱型筒體，轉子和內置冷凝器；在轉子的固定架上裝有刮膜器和防飛濺裝置。
同時短程蒸餾器中所配置的冷凝器位于蒸發器的中心，在蒸餾過程中，轉子在圓柱型筒體和冷凝器之間旋轉。分子蒸餾技術作為一種與國際同步的高新分離技術，具有其它分離技術無法比擬的優點。首先是壓力降更小，其次是更新、自潔加熱面，而且短程分子蒸餾器的操作溫度低，一般是遠低于沸點，同時真空度高，受熱時間短、分離效率高等特點，因而特別適宜于高沸點、熱敏性、易氧化物質的分離。
更重要的是，在使用短程蒸餾器的時候，能夠有效的脫除低分子物質（脫臭）、重分子物質（脫色）及脫除混合物中雜質。而且在進行分離的過程中，屬于物理分離，能夠很好地保護被分離物質不被污染，特別是可保持天然提取物的原來品質。正常情況下，可以確保較高的分離程度，高于傳統蒸餾及普通的薄膜蒸發器。
對于用戶而言，短程蒸餾器的使用操作也非常方便，能夠適應不同的分離要求。其實分子蒸餾是一種特殊的液－液分離技術，在高真空條件下，液體分子受熱從液面逸出，利用不同分子平均自由程差異而導致其表面蒸發速率不同而達到分離的目的。
需要注意的是，在實際應用中，想要達到預期的效果，那么需要確保合理的系統配置。這樣不僅可以分子蒸餾的正常運行，也可以避免不合理的投資。通常情況下，短程蒸餾器的操作真空要求較高，因此在進入分子蒸餾操作之前，要把物料中對短程蒸餾先脫去。實踐證明刮板式薄膜蒸發器是理想的預脫裝置，選擇合式的刮板式薄膜蒸發器能短程分子蒸餾器（分子蒸餾）在高真空狀態的正常運行。
事實上，短程蒸餾器在使用中，主要可以分為四個階段來完成蒸餾過程的。短程蒸餾器筒體的長徑比L/D通常應該根據物料性質與分離要求控制在3到6范圍內，但是還要通過結構設計予以調整，即通過加熱器與冷凝器的結構尺寸來決定。
