短程蒸餾器適用于進行分子蒸餾，在進行蒸餾的過程中，分子流是通過加熱面而直接到達冷凝器表面。短程蒸餾器的具體蒸餾過程可以分為四個步驟，步就是分子從液相主體向蒸發表面擴散。通常情況下，液相中的擴散速度是控制分子蒸餾速度的主要因素，所以應盡量減薄液層厚度及強化液層的流動。
第二步就是分子在液層表面上進行自由蒸發，隨著短程蒸餾器的運行，實際所達到的蒸發速度會隨著溫度的升高而上升。不過分離因素有時候會隨著溫度的升高而降低。因此需要以被加工物質的熱穩定性為前提，選擇經濟合理的蒸餾溫度。第三步是分子從蒸發表面向冷凝面飛射。在蒸氣分子從蒸發面向冷凝面飛射的過程中可能彼此之間會發生碰撞，也可能和殘存于兩面之間的空氣分子發生碰撞。
因為這些蒸發分子的重量比空氣分子重量大，而且二者保持相同的運動方向，因而它們自身碰撞對飛射方向和蒸發速度影響不大。而殘氣分子在兩面間呈雜亂無章的熱運動狀態，因此在短程蒸餾器蒸餾的過程中，其中殘氣分子數目的多少是影響飛射方向和蒸發速度的主要因素。
接下來就是分子在冷凝面上進行冷凝，在這個過程中要注意確保冷熱兩面之間保持足夠的溫度差，通常是保持在70到100度之間。冷凝表面的形式合理且光滑則認為冷凝步驟可以在瞬間完成，所以選擇合理冷凝器的形式相當重要。同時為了短程蒸餾器的正常運行，我們還必須要提供一定的條件。
首先，在短程蒸餾器工作的過程中，殘余氣體的分壓一定要保持在較低的范圍內，這樣可使殘余氣體的平均自由程長度是蒸餾器和冷凝器表面之間距離的倍數。其次在飽和壓力下，蒸汽分子的平均自由程長度必須與蒸發器和冷凝器表面之間距離具有相同的數量級。在這樣的條件下，蒸發在沒有任何障礙的情況下從殘余氣體分子中發生。
也就是說，在所處的溫度條件下，短程蒸餾器的蒸發速度將會達到值，由于蒸發速度與壓力成正比，因而，分子蒸餾的餾出液量相對比較小?？偟膩碚f，在實際應用中，短程蒸餾器完全能滿足分子蒸餾的所有必要條件。
